דרמה התפתחה בדיון בבג"ץ סביב מינוי ראש השב"כ, כאשר השופט שטיין יצא נגד הנשיא עמית, וטען כי לפי החוק, ראש הממשלה הוא זה שממנה את ראש השב"כ, גם כאשר קיימת בעיית ניגוד עניינים. עמית, מצידו, השתדל להדגיש כי כללי ניגוד העניינים חלים על כל תפקיד ציבורי וסמכות שניתנות. השופט שטיין, בסוגיה הזו, לא היסס להכות על חטא את נציגת היועמ"שית ואמר: "גם גברתי כפופה לחוק".
בשיחתו התקיף שטיין גם את עמדת נציגת היועמ"שית בנושא ניגוד העניינים, כאשר ציין כי לראש הממשלה יש זכאות להתווכח עם היועצת המשפטית. כאשר היא ניסתה להדגיש כי ישנם לפחות שני שרים שיכולים למנות את ראש השב"כ במקומו של נתניהו, קטע אותה עמית ושאל: "למה אנו צריכים להיכנס לזה?".
השופטת כנפי שטייניץ, בחריפות, יצאה נגד עמדת היועמ"שית ואמרה: "אנחנו עוסקים בניגוד עניינים בעיתוי שצריך לבחור את ראש השב"כ – מינוי שישפיע על חמש השנים הבאות. יש כאן פסילה של הפעלת סמכות, וצריך לעשות זאת במשורה".
