שר הביטחון ביקש ממבקר מערכת הביטחון לערוך בדיקה לגבי כשלים שצצו במהלך חקירתו של פלדשטיין והנגד. ההליך התבסס על חשש מכשלים משמעותיים שנדרשו לבחון. אך הייעוץ המשפטי במערכת הביטחון חשף חששות לגבי ההתערבות של כ"ץ בהליך הפלילי, והמליץ על הימנעות מכך.
הייעוץ המשפטי הזהיר את כ"ץ מפני השלכות אפשריות של התערבותו בחקירה ופנה להפעיל שיקול דעת בנוגע לצעדיו השונים בהקשר זה. מומלץ היה לו להימנע מהפעלות שיכולות לערער את אמינות החקירה ולהשפיע על מעמדה המשפטי.
בכך, קיים מתח בין רצון השר לפעול לבדיקת הנושא לבין הצורך לשמור על עצמאות ההליך המשפטי. המומחים במערכת הביטחון הדגישו את החשיבות להשרות אמון בהליכים המשפטיים, ולוודא שהם מתבצעים ללא לחצים חיצוניים.