רה"מ בנימין נתניהו החל את עדותו בבית המשפט באיחור של עשר דקות, כשהסביר כי היה עסוק בעניין ביטחוני חשוב. במהלך עדותו במשפט המפעים בתיקי האלפים, הצהיר נתניהו כי בתקופת הבחירות הוא הקדיש תשומת לב רבה יותר לכלי התקשורת. לדבריו, הוא לא עסק במעקב אחרי פעולתו של העיתונאי ינון חפץ, שהעיד עד לשם כך בעצמו, וטען כי לא היה מודע לכך שעיתונאים אחרים, כמו רבינשטיין, עוקפים את חפץ. נתניהו הוסיף כי בדרך כלל הוא ראה את אתר וואלה כשולי, אך הדגיש כי לקראת הבחירות יש חשיבות גם לאתרים אלו.
בתגובה לתביעות, ציינה התביעה כי חומר החקירה הועבר במלואו להגנה ולעיון. נתניהו הסביר כי המו"לים, בעלי העיתונים והעורכים פועלים בהתאם להשקפתם האידיאולוגית והפוליטית, והביע את דעתו כי יש לגוון את כלי התקשורת. הוא טען כי תמיכה במפלגות ימין חשודה, בעוד שתמיכה בשמאל נתפסת כלגיטימית, דבר שהוא לדעתו סכנה לדמוקרטיה.
במהלך העדות, התפתחה תקרית חריגה, כאשר עימות צעקות פרץ בין עו"ד חדד, סניגורו של נתניהו, לבין התובעת יהודית תירוש. תירוש האשימה את נתניהו בסיכומים מוטעים, ובתגובה, חדד קרא לה להתכבד בשפה הולמת ולהתנצל על דבריה. האירועים הללו חיזקו את המתח המשפטי סביב התיק המורכב שבו נתניהו מעורב.