מפקד פיקוד המרכז, אלוף אבי בלוט, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, תא״ל יקי דולף, ראש המנהל האזרחי, תא״ל הישאם אבראהים, ומפקד חטיבת אפרים, אל״ם נתנאל שמכה, ערכו תחקיר ראשוני בשטח בעקבות אירועים שהתרחשו בפונדוק. מהתחקיר עולה כי אמש, בשעות הלילה, הגיעו עשרות אזרחים ישראלים, חלקם רעולי פנים, לאזור פונדוק שבחטיבת אפרים, שם הציתו רכוש וגרמו לנזקים.
בהתאם לדיווחים, כוחות צה״ל ומשטרת ישראל הוקפצו למקום בעקבות האירועים. במהלך ההתערבות, האזרחים הנ"ל זרקו אבנים ודיווחו על תקיפות כלפי כוחות הביטחון.
לאור המתרחש, נפתחה חקירה משותפת של המחלקה לחקירות שוטרים והמשטרה הצבאית החוקרת. אלוף אבי בלוט ציין במקום האירוע: "כל הפרת סדר אלימה פוגעת בביטחון וצה״ל לא יאפשר אותה."